A Diretoria é o órgão de administração executiva da Fundação, cabendo-lhe executar as diretrizes fundamentais e cumprir as normas gerais baixadas pelo Conselho de Curadores e de Administração. Tem a seguinte composição:
| Diretor Executivo: | Prof. Dr. Valdair Francisco Muglia |
| Diretor Científico: | Prof. Dr. Sonir Roberto Rauber Antonini |
| Coordenadora Técnica Administrativa*: | Silvana Pischiottin Peroni |
* Possui atribuições para deliberar e assinar documentos que impliquem ônus ou obrigações para a FAEPA, na ausência ou impedimento de um dos diretores, conforme estabelecido no Art. 29 do estatuto.
